分子病理学是与分子生物学、细胞遗传学等学科相互渗透，在蛋白质和核酸等生物大分子水平上研究疾病病因、发病机制、形态变化及功能损害等方面发生发展规律的新的分支学科，对疾病的病因、发生发展、发病机制及形态变化，从传统形态学概念深入至分子或基因水平，分子病理已成为肿瘤病理研究中最重要的内容和手段。
一、 分子病理检测的意义
1、 精准医学时代的分子靶向基因检测
精准医学概念的提出使各医学学科在诊疗方式、治疗手段上都发生着翻天覆地的变化，但精准的治疗首先必须依托于精准的诊断，基因状态检测则是精准诊断的#步。基因检测可以诊断疾病，也可以用于疾病风险的预测及指导肿瘤靶向药物治疗。基因检测是通过组织、血液、体液或细胞对DNA进行检测的技术，取被检测者组织细胞，扩增其基因信息后，通过特定设备对被检测者细胞中的DNA分子信息作检测，预知身体患疾病的风险，分析它所含有的各种基因情况，从而使人们能了解自己的基因信息。
2、 通过分子检测协助病理诊断
某些肿瘤具有特定的分子病理学改变，对于病理常规染色难于诊断的这些肿瘤，进行分子病理检测可协助得出准确的病理诊断。例如淋巴瘤的鉴别诊断往往依赖于形态和免疫组化的综合判断，但有些时候，这些手段也不能满足诊断的需要，这时我们通过IG或TCR基因重排检测，可协助鉴别淋巴细胞的普通增殖和肿瘤性增殖。
3、 了解自身是否有家族性疾病的致病基因
具有癌症或多基因遗传病(如家族遗传性乳腺癌、老年痴呆、高血压等)家族史的人是最需要做基因体检的对象，通过基因体检这些高危险群可以知道自己是不是带有疾病易感基因，以便及早发现和及早预防，并做好饮食保健与生活习惯的调整，来避免疾病发生的可能。
二、 分子病理室目前开展的检测项目
1、非小细胞肺癌---开展EGFR、ALK、ROS-1、k-ras、PIK3CA、等基因检测，为靶向药物使用提供科学依据。
EGFR基因突变状态是EGFR酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)(包括吉非替尼、厄洛替尼、阿法替尼等)治疗晚期非小细胞肺癌最重要的疗效预测因子。突变通常发生于外显子18～21，其中19外显子缺失及21外显子L858R点突变是最常见的对EGFR-TKI治疗敏感的突变(EGFR敏感突变);而20外显子T790M突变则是对一代EGFR-TKI发生耐药的突变。因此《中国EGFR基因突变阳性NSCLC诊断治疗指南》指出所有病理诊断为肺腺癌、含有腺癌成分和具有腺癌分化的NSCLC患者进行EGFR基因突变检测，建议对于小活检标本诊断的或不吸烟的鱗癌患者也应进行检测。并且推荐EGFR基因敏感突变患者一线进行EGFR-TKI类药物治疗
ALK融合基因是新发现的非小细胞肺癌驱动基因，其中棘皮动物微管相关类蛋白4(EML-4)基因与ALK的融合(EML4-ALK)为最常见类型。对于EMIA—ALK融合基因阳性的晚期非小细胞肺癌患者，ALK抑制剂克唑替尼具有显著的治疗效果。《指南》指出所有病理诊断为肺腺癌、含有腺癌成分和具有腺癌分化的NSCLC患者均需进行ALK融合基因检测，用于临床鉴别适合克唑替尼治疗的肺癌患者。
ROSl是另一种酪氨酸激酶受体基因的融合形式，是新近发现的非小细胞肺癌驱动基因，ROS1融合基因与ALK融合基因的临床特征非常相似，ROSl重排的局部晚期或转移性NSCLC患者也能够从克唑替尼治疗中获益。
KRAS基因突变影响EGFR-TKI药物的疗效。KRAS基因野生型患者对靶向治疗有效;若KRAS基因发生了突变，则不建议患者使用(吉非替尼、厄洛替尼、阿法替尼等)靶向药物治疗。
2、 结直肠癌：开展KRAS、NRAS、B-raf等基因检测，为靶向药物使用提供科学依据。
KRAS基因突变型患者不能从抗EGFR治疗中获益，反而会徒增不良反应。因此《NCCN结直肠癌临床诊疗指南》指出所有转移性结直肠癌患者都应进行RAS基因检测(KRAS和NRAS)。对于RAS基因突变的患者，西妥昔单抗及帕尼单抗等就不再适用。
B-raf基因突变被作为结直肠癌患者降低对西妥昔单抗及帕尼单抗两种药物的药物反应的预后标记。因此2011年《结直肠癌临床实践指南》建议如果KRAS没有发生突变，可以选择性地检测BRAF基因。
3、胃肠道间质瘤：开展C—kit、PDGFRA等基因检测，用于病理诊断、靶向治疗、复发转移风险评估。
胃肠道间质瘤，是胃肠道最常见的间叶源性肿瘤，大多数病例具有c—kit或PDGFRA基因突变。c—kit基因突变主要发生在9、11、13和17号外显子，其突变情况与格列卫分子靶向药物治疗的疗效相关：11外显子突变者疗效#，9号外显子突变者疗效次之，而野生型疗效最差。另外对于9号外显子突变者提高用药剂量可显著提高疗效。而17号外显子的突变则可导致患者对格列卫耐药。PDGFRA基因突变主要发生在12和18号外显子，它们的突变也可导致患者对格列卫原发耐药。因此检测c—kit和PDGFRA基因可以帮助我们对疑难病例明确胃肠道间质瘤的诊断，同时指导分子靶向治疗的合理用药。
4、淋巴瘤：开展IG、TCR基因重排检测，运用于交界性或疑难性淋巴瘤的辅助诊断。
淋巴细胞受体基因单克隆性重排是淋巴瘤细胞的主要特征，淋巴细胞抗原受体基因重排检测技术可用于协助鉴别淋巴细胞增殖的单克隆性与多克隆性，以及无法通过免疫组化方法来鉴别的淋巴瘤，是对形态学检查和免疫组化方法的重要补充。对于有IG或TCR基因重排的患者则高度考虑为B细胞或T细胞淋巴瘤。
5、甲状腺癌：开展BRAF基因突变等检测，为疑难病理诊断、复发转移风险评估和靶向药物使用提供科学依据。
对于不能确定良恶性的甲状腺结节，对穿刺标本进行BRAF基因突变检测，能够提高确诊率。检测术前穿刺标本的BRAF突变状况，还有助于甲状腺乳头状癌的诊断和临床预后预测，便于制定个体化的诊治方案。多中心回顾性研究显示BRAF突变组患者复发及死亡率明显高于未突变组。
6、个体化化疗药物基因诊断系列
由于个体遗传基因上的差异，不同的人对外来物质(如药物)会产生的反映也会有所不同，因此部分病人使用正常剂量的药物时，可能会出现药物过敏、红肿发疹的现象，或者是在服用相同药物时，有人觉得神效，有人却不但无效还有毒副作用。基因检测是针对个人的基因做检测，根据每一个人的基因情况，制定特定的治疗方案，从而科学地指导患者使用药物的种类和剂量，进而达到合理用药，避免药物毒副作用，让患者走出用药盲区，用准药，用好药。
每一种化疗药物都有与其对应的评估其作用的靶标，化疗药物的疗效主要与相关基因的表达水平有关。分析化疗药物相关基因的表达水平，可以科学地预测其所对应药物的疗效，提高治疗的针对性，为临床用药提供指导，从而给适合的病人在适合的条件下使用适合的治疗方式，即个体化化疗。
7、高通量测序(NGS)
目前我们常用的基因检测方法有sanger测序和ARMS法等，需要一个基因一个基因的检查，检测耗时长，费用高;ARMS法还必须基于已知的特定位点突变。而大部分肿瘤的发生发展涉及多基因、多信号通路激活，单一基因检测具有局限性，而一次同时检测多个相关靶标可快捷选择药物或药物组合。高通量测序具有高通量、高效率、高准确性、低成本的特点，可同时检测多个基因改变。如现有针对非小细胞肺癌等实体瘤的检测试剂盒，即可一次性检测50余种相关基因，在提高了检测效率的同时也降低了患者的检测费用。
8、循环肿瘤细胞(CTC)检测
循环肿瘤细胞(circulating tumor cell)简称CTC，是指存在于循环外周血中的肿瘤细胞，其含量非常稀少(1ml 血液中可能只能检出 1个CTC)。进入外周血循环的肿瘤细胞的检测可在肿瘤的诊疗上有三个方面的意义。
1) 活检取材困难肿瘤的诊断
在一些癌症中由于病灶微小或解剖部位特殊或病患体质虚弱,导致活检取材困难,无法做出准确的病理诊断,进而临床无法制定针对性的治疗方案，如果通过采集外周血，分析循环肿瘤细胞就可能完成这些检测，这无疑是一个巨大的进步。
2) 肿瘤转移和复发的预测和早期评估
大量肿瘤相关研究结果证实肿瘤细胞在肿瘤发生的极早期已经侵犯血管进入血液系统，即肿瘤早期已经存在CTC，在这个时期现有的影像学手段无法检测到肿瘤的存在。而通过CTC的检测，可早于影像学3个月即发现肿瘤的微转移，从而实现肿瘤的早期发现和定期监测，以及对肿瘤转移和复发的预测和早期评估。
3) 肿瘤治疗方案和靶向药物治疗的选择
对于获取的CTC，我们还可以进一步作为免疫组化和基因检测的材料，对肿瘤细胞的来源等定性，以及指导临床化疗和靶向治疗药物的使用。
